Konsep Pendidikan di SMP Muhammadiyah 5 Surabaya sejalan dengan visi yang dicanangkan, yaitu unggul dalam ilmu pengetahuan dan teknologi, berprestasi, berketrampilan dan berakhlak mulia.
SMP Muhammadiyah 5 Surabaya terus menerus melakukan perubahan untuk meningkatan sumber daya manusia (SDM) guru dan karyawan seperti seminar, pelatihan, dan workshop untuk bersama-sama menjadikan SMP Muhammadiyah 5 Surabaya sebagai sekolah dengan mutu global dan membangun siswa-siswi yang berprestasi sesuai dengan visi sekolah.
Untuk mewujudkan itu semua, SMP Muhammadiyah 5 Surabaya melakukan perbaikan sarana dan prasarana yang mendukung program sekolah, seperti peningkatan mutu jaringan internet, LCD, Lab. Bahasa, Lab. Komputer, Lab. IPA, dll. Sedangkan untuk meningkatkan akhlak mulia pada diri siswa, maka SMP Muhammadiyah 5 Surabaya menerapkan "Learning Model" atau penerapan teladan sebagai contoh terbaik bagi siswa.
Untuk menghasilkan lulusan terbaik, SMP Muhammadiyah 5 Surabaya melakukan pembinaan bagi siswa-siswi berprestasi atau yang belum. pembinaan siswa tersebut bertujuan untuk meningkatkan kemampuan dan kepercayaan diri siswa dalam menghadapi berbagai ujian, seperti ujian Asesmen Nasional yang pada akhirnya akan mengantarkan siswa untuk melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi sesuai dengan yang diharapkan.